Aproximadamente 3% a 13% dos adenocarcinomas de pulmão têm o gene de fusão ALK / EML4, e caracterizam um grupo de pacientes que tem maior risco de metástases cerebrais e hepáticas, porém, pode ser responsivo à terapia alvo com inibidores da proteína ALK. Translocações associadas ao gene ALK são características do linfoma de grandes células anaplásico e em grande parte dos casos de tumor miofibroblástico inflamatório / pseudotumor inflamatório.

O gene BCL-2 (B-cell CLL/lymphoma 2, a.k.a. PPP1R50) codifica uma proteína da membrana mitocondrial que regula a apoptose e é expresso em células B. Translocações envolvendo o gene BCL-2 são comumente identificados em linfomas de célula B. A translocação t (14; 18) (q32.3; q21.3) foi identificado em cerca de 80% dos linfomas, em 20% a 30% do linfoma difuso de grandes células B, e raramente na leucemia linfocítica crônica de células B. A superexpressão do gene BCL2 confere resistência à quimioterapia. Daí a detecção de translocações BCL-2 por fluorescência de hibridização in situ (FISH).

Rearranjos da região cromossômica do gene BCL-6 ocorrem em diferentes tipos de linfoma não-Hodgkin, incluindo células B difuso e linfoma folicular. A translocação BCL-6 t (3; 14) (q27; q32.3) resulta na fusão do gene IGH-BCL6. As translocações BCL6 representam uma das mais frequentes anormalidade citogenética, ocorrendo em 20% a 40% dos casos.

BCR/ ABL1 é indicado para a detecção das translocações específicas que envolvam a região cromossômica 9q34.12 albergando o gene ABL1 (ABL), e região cromossômica 22q11.23, albergando o gene (BCR1) (BCR). Rearranjos envolvendo t (9; 22) (Q34.1; q11.2) são observados em aproximadamente 90% dos pacientes com leucemia mielóide crônica (LMC) e em aproximadamente 25% de adultos com leucemia linfoblástica aguda. Os rearranjos são citogeneticamente caracterizados pela presença do cromossomo Philadelphia (Ph). A translocação resulta frequentemente na formação de um BCR quimérico / fusão ABL1gene no cromossoma 22. O produto gênico é uma proteína BCR / ABL1 com atividade anormal de tirosina-quinase. Dentro de células normais, a atividade da quinase é finamente regulada, em resposta a fatores de crescimento e outros estímulos. A fusão BCR / ABL1 conduz à ativação constitutiva de vias de sinalização, incluindo RAS, JAK / STAT e PI-3 quinase.

Translocações envolvendo o gene C-MYC estão associadas ao diagnóstico do linfoma de Burkitt e estão presentes em alguns casos de linfoma de células da zona do manto. A amplificação do gene C-MYC é observada em carcinomas uroteliais, estando relacionada a alto grau histológico e crescimento invasivo.

COL1A1 é indicado para a detecção das translocações específicas que envolvam a região cromossômica 17q21.33 albergando o gene COL1A1 (a.k.a. OI4). Translocações recíprocas envolvendo t(17; 22)(q21.3; q13.1) são característicos do dermatofibrossarcoma protuberans (DFSP). DFSP Sarcoma de Pele é altamente recorrente, infiltrativo e de malignidade intermediária. Os rearranjos são citogeneticamente caracterizados pela presença de cromossomas supranumerários em anel contendo sequências amplificadas de baixo nível de cromossomos 17q21-qter e 22q10-q13.1, ou derivados desequilibrados do t (17; 22)(Q21.3; q13.1) translocação.

EGR1 / 5p15 é indicado para a detecção de deleções de genes EGR1. O gene EGR1 (resposta de crescimento precoce 1) está localizado na região cromossômica 5q31.2. As deleções que abrangem a região 5q31.2 estão entre as mais comuns anormalidades detectáveis em síndromes mielodisplásicas (MDS) e leucemia mielóide aguda (AML).

A proteína EGR1 é uma proteína nuclear e funciona como um regulador transcricional de Supressão EGR1 em carcinomas de mama RE negativo e está correlacionada com um grau de tumor mais elevado, sugerindo que a perda do gene EGR1 (e assim perda do funcionamento da proteína EGR1) podem contribuir para a patogênese do carcinoma de mama negativo para receptor de estrogênio

ESR1/CEN6 é indicado para a detecção de amplificação do gene ESR1 frequentemente observado no câncer da mama. O gene ESR1 (receptor de estrogênio 1) está localizado na região cromossômica 6q25.1 e codifica receptor alfa de estrogênio (RE). Expressão de RE é um dos mais importantes fatores conhecidos no desenvolvimento de câncer de mama.

ETV6/RUNX1 é indicado para a detecção da translocação específica envolvendo a região cromossômica 12p13.2 abriga o ETV6 (variante ETS do gene 6) e a região cromossômica 21q22.12 albergando o gene RUNX1 (fator de transcrição relacionados com o 1, a.k.a. AML1). A translocação cromossômica equilibrada t (12; 21) (p13.2; q22.1), leva a ETV6 fusão / RUNX1, e representa o mais frequente rearranjo genético na leucemia aguda linfoblástica (LLA) (19-27%) e tem sido associada com bom prognóstico.

São observadas translocações envolvendo o gene EWSR1 entre diversos sarcomas de células redondas – 100% dos tumores de pequenas células redondas desmoplásicos e mais de 95% dos sarcomas de Ewing / PNET – tumor neuroectodérmico primitivo, além de sarcoma de células claras, fibro-histiocitoma angiomatóide, condrossarcoma mixóide extraesquelético e alguns lipossarcomas de células redondas também têm rearranjos de EWSR1. Translocações envolvendo o gene EWSR1 estão presentes em mais de 80% dos casos de carcinoma de células claras hialinizante de glândula salivar e em nenhum de seus principais diagnósticos diferenciais. Outra aplicação do exame de FISH EWSR1 é a diferenciação entre melanoma maligno e sarcoma de células claras e deve ser sempre realizado em indivíduos com tumores melanocíticos em partes moles, uma vez que o sarcoma de células claras é um sarcoma de partes moles raro, com semelhanças morfológicas e imuno-histoquímicas com o melanoma maligno, o que faz com que frequentemente seja diagnosticado como melanoma.

FUS é indicado para detectar translocações que envolvem a região cromossômica 16p11.2 região que alberga o gene FUS (também conhecido como TLS, FUS / TLS,hnRNP P2). Portanto, a detecção de rearranjos FUS através de hibridização in situ é uma ferramenta valiosa para confirmar o diagnóstico histopatológico de lipossarcoma mixóide.

A pesquisa de amplificação do gene HER2 (ou c-erbB-2) auxilia na seleção de pacientes com adenocarcinoma de mama ou de estômago que podem ser beneficiados com tratamento imunoterápico baseado na injeção de anticorpos anti HER2. A imunoterapia é um tipo de terapia-alvo, já que este anticorpo de uso medicamentoso ataca e mata somente as células tumorais que exibem grandes quantidades deste receptor como consequência da amplificação do gene HER2. A principal indicação do exame de FISH HER2 são os casos “duvidosos” no exame de imuno-histoquímica (resultado 2+). Nestes casos encontra-se marcação fraca na imuno-histoquímica, portanto a amplificação gênica deve ser confirmada ou não pelo exame de FISH; caso o resultado da relação gene HER2 / cromossomo 17 seja superior a 2.2 o caso é considerado positivo para amplificação do gene HER2 e, portanto, indicativo de imunoterapia. Pacientes com neoplasias sem amplificação do gene HER2 não se beneficiam do tratamento imunoterápico, já que não possuem o alvo terapêutico. Outra abordagem existente é a pesquisa inicial do estado de gene HER2 por FISH, dispensando a imuno-histoquímica; pesquisadores que advogam a favor desta abordagem justificam que há casos (cerca de 10%) com de exame imuno-histoquímico negativo para HER2 e com exame de FISH positivo ou vice-versa e que estes pacientes não receberam ou não seriam beneficiados pela imunoterapia se fossem submetidos à abordagem convencional de exames em 2 etapas (imuno-histoquímica inicial, seguida de FISH somente nos casos duvidosos).

Translocações envolvendo o gene IGH (14q32.33) são evento crítico na patogênese do mieloma múltiplo, da gamopatia monoclonal de significado indeterminado (MGUS) e da maioria dos linfomas não Hodgkin, podendo auxiliar particularmente no diagnóstico diferencial destas entidades com estados reacionais / inflamatórios.